初次使用时，生化池微生物培养物具有良好的活性，当粘度较小时，膜开始投入使用，系统运行时，采用恒流方式，严禁出水流量。
1、碱性清洗液的清洗方法：可以去除MBR膜反应器中的蛋白质污染，并且破坏凝胶层并从膜表面剥离。酸清洗剂可以溶解和去除无机矿物质和盐，溶解掺入凝胶层和水垢层中的无机金属离子，例如铜和镁，并从膜表面彻底清洁剩余的凝胶层和水垢层以进行回收。用酸或碱液清洗时，如果将膜组件浸泡太长时间，它将重新吸收酸和碱溶液溶解的有机物，因此有必要把握适当的清洁时间。另外，在清洗过程中应避免过量的酸、碱和氧化剂泄漏到反应器中。
2、海绵球的清洁方法：控水海绵球通过MBR膜反应器的膜表面，可以强行去除膜表面的污染物，但在去除硬污垢时容易损坏膜表面，需要注意。通过简单地在平膜组件上使用简单的在线海绵擦洗，可以基本上恢复膜通量，从而减少化学清洗的次数并降低清洗成本。
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