尽管已采取了精细的预处理措施和优化的膜系统设计，对MBR膜系统进行定期清洗仍然是必要的。MBR膜系统清洗装置需要满足以下条件:
① 清洗单元必须与每条处理线一的每个单元相连接(固定系统或易临时连接的系统)。
② 必须能在较低的压力下(其目的不是渗透，而是扫洗膜)进行循环清洗。为了将膜恢复至初始状态，要根据所知的可能成垢物质(溶解沉淀物)或污堵物质(分散泥饼)选择清洗剂，主要的清洗药剂包括酸(溶解氢氧化物，碳酸盐)，整合物(氧化物-氧氧化物)，表面活性剂，分散剂(分散有机或无机污染物);消毒剂(生物污染物)等。
几乎在所有情况下，交替进行一段时间的浸泡和循环(粉碎并输送出泥饼)的清洗效果最好。当出现严重污堵时，清洗会比较困难且费时较长，因为被堵寒的通道阻止清洗剂进入泥饼内部。这可能需要将清洗时间从几个小时(每种清洗剂2~4h)延长至几天。另外，MBR膜元件污染问题越早发现那清洗就越容易。
需要注意的是，如MBR膜系统元件清洗不充分，大多数情况下必须尽快重新进行清洗，因为膜表面的残留物会引发阻碍膜表面错流流动的结品，其至使微生物重新开始繁殖(膜表面上的胞外聚合物尚未被剥离)
至少对干较大的系统，对一个或更多膜元件进行解部分析[或是第一级的首个MBR膜系统元件(污染)或是最后一级(结垢)的末端膜元件都可提供有用信息:可以收集沉淀物或泥饼来分析是否需要选择更合话的清洗药剂,类似地，一个能够测试和清洗多个元件的试验装置将能对清洗过程进行精调。
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